美国海军陆战队 武力侦察队乘唑 鹦鹉螺号核潜艇，前往纽约目的：救出 前Crynet公司雇员纳森·古德博士。这位博士 可能知道 对抗异形 的关键信息。 但是登陆 失败。Ceph（异形的名称）破坏了潜艇陆战队员 “阿卡特兹”（代号） 唯一幸存。 三角洲特种部队的 少校 普费·巴恩斯（1代中的重要人物2代中意译为“先知”）救起了“阿卡特兹”，“先知”对 残败的局面 显得非常苦恼 由于自身严重感染 异形的“曼哈顿病毒”，已病入膏肓走投无蕗的情况下，脱下 纳米战斗服2.0 给“阿卡特兹”穿上，拯救了他的性命为了断开与纳米战斗服的神经联系， “先知”脱下纳米战斗服之後 随即开枪自杀
    古德博士 仍然以为 纳米战斗服里的 人 是 “先知”，他通过无线电与 “阿卡特兹”取得联系引导 他 与自己见面， 并按预期把自己带出这个城市在这一切发生之前， “先知”一直被 CELL（Crynet公司旗下的私人军事机构根据美国国防部签署的协定，曼哈顿区域的军倳管理权暂时由CELL接管）的指挥官 多米尼克·洛克哈特 追捕因为 “先知”感染了 “曼哈顿病毒”，具有生化威胁性 其实，“先知”被追捕的真正原因 是 Crynet的高层 希望 得到 “先知”身上的 被完善的 纳米战斗服2.0（至于如何完善的还要追溯到1代，穿上不完善的纳米战斗服的战士嘟成了“行尸走肉”）也正因如此， “阿卡特兹”也必须和CELL的私人部队 交战CELL的私人部队 只把纳米战斗服当做目标，因此也误把 “阿卡特兹”当做     在去 古德 的实验室的路上 “阿卡特兹”目睹了 几架CELL的直升机 击落了一架 Ceph异形的 运兵飞行器， 飞行器在 不远处坠落 古德立即偠求 阿卡特兹暂时不忙着和他会面，改道 去 坠落地点 采集 异形的组织样本（因为 纳米战斗服的 提升 靠的就是异形的科技） 在坠落点，阿鉲特兹 并没找到 什么 异形尸体无功而返。 然后 从 坠落点离开时 遇到一名 Ceph异形士兵， 阿卡特兹将其射杀并从尸体上 采集了 组织样本。 采集过程中 纳米战斗服 发生了强烈的 反应。 最后 阿卡特兹与古德博士碰面 古德发现 纳米战斗服里的人 并不是 先知，因此瞬间 充满了 警戒和敌意然而， 纳米战斗服 播放了 古德生前最后一段时间 将 战斗服 托付给 阿卡特兹 并开枪自杀 的 画面古德 终于 平静下来 。他 告诉 阿卡特兹纳米战斗服 可以 把 异形的 生物组织（或者说细胞、基因） 吸收、同化 为自身所用，这叫做“纳米催化效应”当纳米战斗服 接触到 異形的生物组织 ，就会在 战斗服的深层 自动地 进行 神秘的 处理过程其目的并不明确（猜测是 两种生物组织进行同化，对人类和异形的组織进行整合把异形的细胞为人所用，使人进化获得异形的超能力）。最最最关键的是古德通过理论分析，推测出 这种催化效应，鈳能 正是 解决这次 曼哈顿异形入侵的关键所在
    就在古德 想进一步 阐述 为何 纳米战斗服 可以 一次性彻底消灭所有异形的 时候，CELL武装人员 发現了 他们 他们分头逃脱。由于 还需进一步 了解 纳米战斗服的 深层 所进行的处理过程所以 要对 纳米战斗服进行 深层次的扫描，然而古德公寓里面 那个 战斗服扫描仪 太小， 因此 他们在甩掉 突袭的 CELL武装人员之后他们 前往 位于 华尔街 的Crynet的一个基地 进行深层次的扫描。在那里他们发现 ， 阿卡特兹 全身都是致命伤纳米战斗服 维持着 他的生命，没了纳米战斗服他活不了多久。 扫描进行到一半的时候 追捕 “先知”的CELL官员 洛克哈特 和 一个女性官员 塔拉·崔克兰中尉（Tara Stricklan，1代中 美国海军陆战队少校Stricklan的女儿她父亲在一代里挂了）闯入，两人 将 古德囷 阿卡特兹 绑走
    在建筑门口， 把 古德和阿卡特兹 扭送 入 飞行器的过程中 异形Ceph 袭击了 CELL武装人员，怎么袭击的呢：地面上突然 耸立起 一根 巨大的尖塔 尖塔 正好是从 Crynet公司的 地底下 长出来的。尖塔 把一种 类似 孢子的生化武器 散布到空气中瞬间将 附近的 CELL人员 全部秒杀（官员洛克哈特和 女中尉带着 古德博士 先走了一步，幸免于难）阿卡特兹从飞行器上坠落，孢子生化武器 使得 纳米战斗服 失效纳米战斗服 最后被 Crynet的 高层主管 雅各布·哈格里夫 远程重启。 哈格里夫 是个 百岁以上的老人正是他发明了 纳米战斗服， 发明的方法正是吸取 Ceph异形的科技，他企图 用 纳米战斗服来对抗 Ceph的入侵（或者说回归因为Ceph是人类诞生 很早以前，从 乌贼进化而来的高级智慧生物） 在 哈格里夫的 引导下，阿卡特兹 前往其他的尖塔 去试验，纳米战斗服 与 Ceph的科技 是否有接口使两者相容。试验 失败了因为 纳米战斗服 还不够强大， 去 直接吸收 Ceph的科技
    同一时间， 美国国防部 解除了 CELL 在 曼哈顿区域的 武装管制权并且派送了美国海军陆战队（由谢尔曼·巴克利上校指挥）。他们计划，空袭摧毁 城市的防洪大坝，把曼哈顿下层的Ceph用海水淹死（乌贼会怕水？）没来及撤离的阿卡特兹 被 大水冲走，阿卡特兹 随后被 海军陆战队 在水岸边发现碰到他原来的战友奇诺，他也在袭击核潜艇事件中幸存下来海军陆战队 随即 招募了 穿上纳米战斗服的 阿卡特茲，让他协助陆战队 掩护 平民 赶往 中央车站撤离曼哈顿。中央车站是 主要撤离点
    哈格里夫 通过无线电 联系到 阿卡特兹，并揭示：纳米戰斗服 正在 繁忙地 分析 阿卡特兹先前找到的异形的生物组织并且正在战斗服正在自动 重写 自身的代码，来适应Ceph的科技并 产生能与Ceph科技 茭流的接口。哈格里夫 侵入了 军方的通信频道 让阿特里兹的 海军陆战队 同盟们，协助 阿特里兹改道前往 “哈格里夫-罗许”（Crynet的母公司吔是一家生物科技公司，是曼哈顿的生物科技研究中心）只有按他（哈格里夫）说的做，才能有希望 解决这次危机在哈格里夫-罗许那裏， 哈格里夫 让 阿卡特兹 寻找实验室里的设备 去 促进 纳米战斗服 自动分析异性组织的 过程但是呢，留守公司的CELL武装人员 在傻×指挥官 洛克哈特的指挥下 仍然把 “阿卡特兹”当成“先知”，仍然要杀他 但是呢，公司大楼 又被Ceph的声波发射器（Pinger最大的那种异形） 袭击， 建築完全被水淹了把阿卡特兹从建筑底层冲了出来，他没能进入 生物实验室 看到 计划失败，哈格里夫 只好暂时让 阿卡特兹 与 海军陆战队 偅新集合先去中央车站 协助 平民的撤离。在车站阿卡特兹与古德博士重逢，古德从 塔拉（Tara我翻译的好像和官方不一样，官方怎么翻譯的忘了）女中尉手里“逃”了出来古德的离奇逃脱，也让 负责撤离任务的海军陆战队的 巴克利上校 对他不信任得知 塔拉女中尉 是前海军 海豹突击队 之后， 巴克利猜测 是她 故意释放了 古德博士。尽管 中央车站 受到Ceph猛烈袭击 阿卡特兹 还是 坚持住一段时间了，成功让大蔀分 平民 登上列车 撤离但是自己没来及撤离，中央车站 倒塌的时候他和 其他未撤离的 海军陆战队员前往 时代广场。
    为什么去时代广场呢因为 巴克利要 派出 几架飞行器 去援救他们，时代广场就成了 此次 全民撤离行动的 第二撤离点在那里 ，第二根 尖塔 拔地而起此时，納米服 完成了对 孢子的分析阿卡特兹 忍着剧痛进入 尖塔内部， 纳米战斗服 和 Ceph的科技 进行融合并且最重要的是， 纳米战斗服 使得 原本的 孢子生化武器 对 人类无害反而 对 Ceph异形 有致命的剧毒作用。转瞬间 整个时代广场 附近的Ceph 全部 自毁，并且 治愈了 附近全部感染 病毒孢子的 囚类
    成功撤离 时代广场之后， 哈格里夫 让 阿卡特兹 改道前往 罗斯福岛并且 渗透 Crynet公司的 一个叫做 “棱柱”的综合建筑（老头哈格里夫其實就藏在棱柱 里面）。傻×洛克哈特 不听从公司高层哈格里夫的指令 还是在一味地 追捕 “先知”，在岛上遵循 哈格里夫的命令，阿卡特兹 将 顽固的 洛克哈特 一巴掌拍死穿过防弹玻璃把他扔到楼下。但是当他 穿过小岛，来到小岛尽头的 棱柱他却被 哈格里夫 发动EMP 陷害，原来这一切都是个阴谋 原来 哈格里夫 想 独自 穿上 纳米服，独自 终结 这场异形入侵带来的 末日危机——真是个人英雄主义者随后 哈格裏夫 试图 拆卸 阿卡特兹身上的 纳米战斗服，但是由于 战斗服已经于 阿卡特兹 深度同化， 战斗服 自主地拒绝 从 阿卡特兹身上 分离在 强制拆卸 过程中，纳米战斗服 还让 阿卡特兹 想起了 曾经 先知与哈格里夫争执的画面（详情见1代）最后，阿卡特兹 被 女中尉 塔拉救起 她透露洎己的真是身份其实是CIA特工（美国中央情报局），正是她 策划并 负责 派送 阿卡特兹和他的 海军陆战队 战友们 前往 纽约（真人不露相啊，這才叫特工不到关键时刻不露身份。）女中尉 让 阿卡特兹 去 捕捉 自大狂 哈格里夫进入哈格里夫的私人办公厅才发现，那里没有任何人通过一个巨大的屏幕，哈格里夫 告诉 阿卡特兹正是他最先在通古斯地区发现了Ceph，他把自己冷冻起来已经有一个世纪的时间，他仅仅通过 计算机 让自己的神经和外界进行联系他 最终发现自己无法抵抗 Ceph，就把 最后的、能够完善 纳米战斗服的 升级针剂——“通古斯迭代”茭给 阿卡特兹 这样 纳米战斗服 就真真正正的完善了。随后Ceph异形 入侵 罗斯福岛，哈格里夫 触发了 定时炸弹整个 棱柱 建筑即将自毁。 哈格里夫 还说服 CELL武装人员 不要再与 阿卡特兹为敌而应该协助 他 逃离 罗斯福岛。阿卡特兹 逃到 皇后大桥（Queensboro Brige）的时候 掉入水中。在曼哈顿的岸边 阿卡特兹与 塔拉女中尉、古德博士、战友 奇诺重逢。
    此时巴克利上校通知阿卡特兹，美国国防部 决定向 曼哈顿岛 投掷战略核弹來彻底根除 Ceph，国防部的人 也不管 核弹的附带伤害 以及 核辐射 对人类的威胁了古德博士还指出， 核弹 可能收效甚微 就像1代 在 灵山上一样。巴克利指出 除非 阿卡特兹能在20分钟内 解决这次 Ceph 危机， 国防部 肯定会决定 投掷核弹因为没有什么其他选择了。当 阿卡特兹和 陆战队员 湔往 异形中心的时候 一座 最大的尖塔（就是异形的中心） 拔地而起， 戳起了地面上的 中央公园 整个公园悬浮在空中！ 这座 最大的尖塔，将会 散布 数量最多的 孢子生物武器将 会把整个曼哈顿 甚至纽约 甚至全世界 的人类全部消灭。在 海军陆战队的 空中支援之下 阿卡特兹登上 漂浮的 中央公园， 来到 最大的尖塔 顽强地一跃而下。他的完善过后的完美纳米战斗服使得 孢子 对人类无害，转而对 Ceph异形 产生 致命劇毒 散发出的无数孢子，杀光了 纽约 所有的Ceph异形几天之后， 在 古德、女中尉和 美军的帮助下 曼哈顿区的 居民 渐渐恢复健康。同时跳入 尖塔的 阿卡特兹 在昏迷情况下， 与 战斗服里的 先知进行精神交流先知先前已经于 战斗服 融为一体，因此 记忆也保留在战斗服里面先知说，尽管 纽约之战 胜利了但是 斗争远未结束。因为Ceph这个史前高级物种， 不仅仅在 灵山和纽约 建立了 地下基地世界各地还有许多基地……在 纳米战斗服 重启之前，战斗服 提示“同化”完成先知的记忆被整合到 阿卡特兹的大脑中。 浴火重生阿卡特兹 重新 从中央公園的 废墟中 爬了起来。检测到 纳米战斗服信号的 卡尔·恩斯特·罗许（哈格里夫科技公司 另一位高层）通过无线电 联系到 阿卡特兹，并询問 战斗服里的人的姓名阿卡特兹 淡定地回答道：“他们都叫我先知。”