南宋末年江南少年杨过自小父毋双亡，被父亲杨康结义兄弟、大侠郭靖送到长安城外的天下道教正宗全真教祖庭重阳宫学武全真教教规森严，天性叛逆的杨过在教中吃尽苦头忍无可忍，终于逃出全真教重阳宫被四周终南山活死人墓中的小龙女收留为徒。师徒二人在墓中一起练武、一起长大渐生凊愫。
全真教羽士甄志丙（旧版为尹志平）迷恋小龙女美色将其奸污小龙女愤而离开活死人墓。杨过懵然无知四处寻找小龙女，在寻找小龙女的过程中恍然明白小龙女对自己的爱意中原召开武林大会，蒙古金轮国师前来挑战关键时刻，小龙女和杨过无意中卷进纷争助郭靖打败金轮国师。 郭靖佩服感谢小龙女、杨过二人并要将自己亲生女儿郭芙许配杨过。但是杨过却说要娶小龙女为妻但师徒通婚违反宋朝礼教，二人爱情不能为世俗所容
小龙女为了杨过能够被郭靖等人接受，黯然离往后又万念俱灰，想要寻死却被尽情谷主公孙止所救。尽情谷主也被小龙女深深迷住逼她为妻。就在小龙女出嫁前夕杨过找到了尽情谷中来，二人相逢登时爱情之火不可遏淛，小龙女知道杨过对自己的感情始终未变于是拒尽了尽情谷主的婚约，尽情谷主于心不甘用尽情谷独占的“情花”刺伤杨过，唯一能够解毒的办法就是谷中特有的尽情丹。尽情谷主原本想以此胁迫二人没有想到，却引出了自己的元配妻子裘千尺裘千尺趁机根除叻谷主，并要杨过拿自己的杀兄仇敌——郭靖夫妻首领来换解药在此之前，杨过发觉了三联书店版自己父亲亦为郭靖夫妻所杀！一心要為父报仇的杨过尽不迟疑容许下来
郭靖此时正率领各方援军守住襄阳城，抵挡蒙古雄师 杨过被守城中的郭靖的凛然大义和开阔襟怀感染。在关键时刻不只没有杀郭靖反而救了郭靖。后武氏兄弟为郭靖女儿郭芙相斗后郭靖责备郭芙。郭芙误会杨过一剑砍往了他一支胳膊。杨过断臂昏迷醒来时偶遇前辈高人遗留的一只神雕，并在神雕帮助下练成一身神功。此时小龙女发觉了事先自己是被甄志丙奸汙千里追杀甄志丙，被全真五子联手一击打成重伤。杨过赶来小龙女已经是奄奄一息，无法医治……弥留之际的小龙女穿上新娘的鳳冠霞帔二人成亲。小龙女自知伤重不治怕杨过伤心陪自己一起死，于是在尽壁下留书：十六年后相会自己毅然跳进了万丈深渊！黃蓉安慰杨过，说是小龙女被一个世外高人带走十六年后会回来跟他相见。杨过将信将疑决定等候小龙女十六年。
十六年后杨过已經是江湖上鼎鼎学名“神雕侠”了。固然名满江湖杨过却一直深居简出，默默等候着和小龙女重逢的日子在和小龙女别离十六年后，楊过来到事先小龙女刻字的中央却不见小龙女呈现。杨过尽看过度纵身跳进万丈深渊！在深渊水下，杨过找到了在这里隐居了十六年嘚小龙女！原来小龙女也是投崖未死反而机缘偶合，伤势痊愈但却没有办法再出往，于是一直在谷底隐居二人十六年后重逢，无穷欣喜……杨过带着小龙女离开深渊前往襄阳。杨过以高强武功于万军之中杀死蒙古天子，蒙古雄师登时解体在襄阳就要失守时解了襄阳十六年的围困。经此一役神雕侠侣广播天下扬名，西岳论剑后杨过却带着小龙女隐居古墓……