使用GROMACS软件模拟DNADNA有几级结构?，计算rmsf时文献中都用P原子代替残基的行为，这是为什么
来源：蜘蛛抓取(WebSpider)
时间：2019-05-31 00:53
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DNA的结构
GROMACS运行时需要知道哪些原子及其组匼对势能函数有贡献(参见第四章). 此外, 它还需要知道对于不同函数必需的参数. 所有这些都利用 拓扑文件 *.top进行描述, 它列出了每个原子的 固定属性. 原子类型比元素种类多得多, 但力场只对存在于生物系统中的原子类型, 外加一些金属, 离子和硅进行了参数化.
键合相互作用和一些特殊的相互作用由拓扑文件中的固定配对所决定, 必须排除某些非键相互作用(第一和第二近邻), 因为它们已经在键合相互作用中处理过了. 另外, 原子还具囿 动态属性, 如位置, 速度和力. 严格地说, 这些不属于分子拓扑, 而是存储在坐标文件*.gro(位置和速度)或轨迹文件*.trr(位置, 速度, 力).
總有一天，你会回头看看那些经历过的人和事当时再大的事，现在看来好像也不过如此你甚至会觉得自己当时太小题大做，太幼稚根本没有什么是过不去的，也根本没有什么人是离不了的可你也不得不承认，就是因为发生过的这些才让你变成了现在这个样子
GROMACS哪些原子及其组合对势能函数有贡献). 此外, 它还需要知道对于不同函数必需的参数. 所有这些都利用 拓扑文件 *.top进行描述, 它列出了每个原子的 固定属性. 原子类型比元素种类多得多, 但力场只对存在于生物系统中的原子类型, 外加一些金属, 离子和硅进行了参数化. 键合楿互作用和一些特殊的相互作用由拓扑文件中的固定配对所决定,
必须排除某些非键相互作用(第一和第二近邻),
作品目录编辑下表为《聊斋志异》二十四卷抄本的目录，此版本中并无补遗和附录：
GROMACS运行时需要知道哪些原子及其组匼对势能函数有贡献(参见第四章). 此外, 它还需要知道对于不同函数必需的参数. 所有这些都利用 拓扑文件 *.top进行描述, 它列出了每个原子的 固定属性. 原子类型比元素种类多得多, 但力场只对存在于生物系统中的原子类型, 外加一些金属, 离子和硅进行了参数化.
键合相互作用和一些特殊的相互作用由拓扑文件中的固定配对所决定, 必须排除某些非键相互作用(第一和第二近邻), 因为它们已经在键合相互作用中处理过了. 另外, 原子还具囿 动态属性, 如位置, 速度和力. 严格地说, 这些不属于分子拓扑, 而是存储在坐标文件*.gro(位置和速度)或轨迹文件*.trr(位置, 速度, 力).
總有一天，你会回头看看那些经历过的人和事当时再大的事，现在看来好像也不过如此你甚至会觉得自己当时太小题大做，太幼稚根本没有什么是过不去的，也根本没有什么人是离不了的可你也不得不承认，就是因为发生过的这些才让你变成了现在这个样子
GROMACS哪些原子及其组合对势能函数有贡献). 此外, 它还需要知道对于不同函数必需的参数. 所有这些都利用 拓扑文件 *.top进行描述, 它列出了每个原子的 固定属性. 原子类型比元素种类多得多, 但力场只对存在于生物系统中的原子类型, 外加一些金属, 离子和硅进行了参数化. 键合楿互作用和一些特殊的相互作用由拓扑文件中的固定配对所决定,
必须排除某些非键相互作用(第一和第二近邻),
作品目录编辑下表为《聊斋志异》二十四卷抄本的目录，此版本中并无补遗和附录：
