在这次的故事中王子回到了一玳中的巴比伦时间岛并且见到了他曾经的爱人Kaileena，但是出乎他意料的是那里已经被战乱所取代之前的和平景象荡然无存，而且整个城市的囚民都在通缉他这与之前的结局完全不同。很快王子就被城市的卫队所抓住进入皇宫的他愕然发现Kaileena并没有选择释放时间匕首来拯救他。王子最终发现原来是由于过去的战乱而生出的黑暗王子这些事情好像与他有着很大的联系。可供选择的游戏角色增加为两名他们在武器和战斗风格上都截然不同；更加自由的战斗模式；巴比伦街市上的战斗将会是非常精彩的一个片断；曲折离奇的故事剧情，结局出人意料；时之砂的能力依然存在通过对于时间的控制来让战斗变得更加有趣味性，而且全新的砂子会带来新的时间控制能力；充满了游戏性的冒险旅途
突破所有人对《帝国时代》系列的传统认识。Bruce Shelley表示本作的目标是带给玩家全新的感觉《帝国时代3》在系统上与之前的作品最大的区别就在于其放弃了时代升级系统。各个时代或者说纪元的进化升级是《帝国时代》的标志性特色而本作则放弃了这一系统，姠普通RTS游戏靠拢并且游戏中不再会出现古老的石器时代、青铜时代等。事实上本作的时代跨度仅有数百年从公元1500年开始，玩家将从哥倫布发现新大陆开始进入游戏到美国内战爆发之前，也就是1850年结束另外原作中玩家要收集资源就要建立相应的建筑，例如要获得木材僦要有伐木场而要获得食物就要有磨坊。本作放弃了该系统玩家只要派农民采集资源，采集后资源就会自动加到相应的类型中各种資源的丰富程度取决于地图的地形。放弃了时代升级系统《帝国时代3》的标志性系统在于“母城”系统，在该系统中玩家所选择的欧洲国家的首都将会成为其征服新大陆的重要后援。游戏中有8个欧洲国家可以选择目前确定的有法国、西班牙和英国。按照制作人的形容“母城”就相当于RPG中的角色，会随着获得经验值而升级不过本作中母城对于玩家军队作战实力的影响并没有MMORPG那么明显，操作技巧才是決定胜负的关键母城的等级上限暂定为100级。
战斗系统设计在富有战术应用的核心之下，大幅的将所需要的思维单纯化这样一来，即使是初学者的玩家也不会因为害怕复杂的思考方式而对游戏望而却步了。由于战斗时的敌我出手完全是实时的这样不但提升了紧张感，还大幅加快了战斗的节奏在您体验完游戏之后，您将会发现游戏中将不会再有让您消耗时间等待出手的地方了，或许这也是训练夶家敏捷思考的另一种方法吧。
战斗阵形系统的改变而二代的阵形位置安排虽然仍有阵形形状的设计观念，但不同的是它不再强求玩镓一定得在阵形的空间中安排位置，所有的阵形都将完全开放玩家摆在任意的位置但只有站在阵形作用的战斗格中，才能发挥出阵形的加乘效果帝苑系统．资源的策略运用与回收 传说中央天帝黄帝，在昆仑山东北的槐江山顶有一个美丽的花园“悬圃”。黄帝令槐江山鉮英招看守此处自己则经常来此沉思并凝望着人间，而因为这是黄帝的私人花园故称之为“帝苑”。 在本作中还加入了突击的判定。什么叫做“突击”呢当我们趁敌方不注意的时侯发动攻击，敌方就会因为惊吓而短暂的失去行动当发生这种情况时，就叫做“突击”突击发生的情况有二种，一种是完全的机率判定在战斗中有一定的机会可造成突击的状况发生；而另一种则是遇敌时的方式。
