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说起肿瘤、癌症,已经不再像多年前一样让谈癌色变,但仍旧为人们所恐惧。成功治疗肿瘤还是以早发现早治疗为主。那么尽早检测和发现肿瘤便是首当其冲的核心。液体活检(Liquid biopsy)的检测方法,可以捕获到进入血液的其它细胞或DNA,从而替代了疾病的诊断,例如肿瘤。最近比较火热的液体活检有:cfDNA(Circulating cell-free DNA)、CTC和外泌体的检测。
对于CTC和外泌体的信息,我们已发表过2篇文章描述,欲知详情,请浏览:
循环肿瘤细胞(CTC):http://www./cytoquest-liquid-biopsy/
外泌体(Exosomes):&http://www./exosomes-extract/
游离循环DNA(cfDNA)存在于血液,包含双链DNA片段,绝大多数是短链,而且通常浓度很低。在健康人体中,血浆cfDNA被认为来自于正常的造血细胞。cfDNA的循环半衰期很短,这提示它需要在细胞凋亡时被持续的释放。在特定的生理条件或疾病过程中,有相当一部分cfDNA会与在健康的时候不同,基于这一结果,近年来cfDNA已被用于无创性诊断。在孕妇中,约有10%-15%的cfDNA来自于胎盘滋养层,现在cfDNA多用于在高危孕妇中筛查胎儿的遗传缺陷,这就是是当前火热的无创唐氏筛查的基础!在肿瘤病人中,通过cfDNA的量化突变来检测肿瘤已被越来越多的人认可。而在移植方面,移植排斥反应也与供体移植器官中的cfDNA水平相关。
Figure.2 血液中的复杂组分
而循环肿瘤DNA(ctDNA)是来源于肿瘤细胞的cfDNA,属于cfDNA的一种类型。两者为包含关系,ctDNA仅为cfDNA很小的一部分。ctDNA来自肿瘤细胞的体细胞突变,不同于遗传突变的是其存在于体内每个细胞。往往在提到循环肿瘤DNA的时候,大家往往简单的将它认为是肿瘤患者外周血中游离的DNA。其实不然,虽然ctDNA所占cfDNA的比例波动范围非常大,约0.01%~90%,但实际上,大多数ctDNA在cfDNA中的占比约为0.2%。
<strong style="font-weight: bold !im">如何有效分离提取cfDNA(ctDNA)用于检测,已成为科研工作者必须突破的问题!
作为全球领先的创新技术和表观遗传学相关研究产品的开发商和供应商,Epigentek公司为此潜心研发,终推出市场上罕有的游离循环DNA分离提取试剂盒:EpiQuik Circulating Cell-Free DNA Isolation Kit (货号:P-1064),助您在肿瘤研究领域快人一步!
本试剂盒利用基于磁珠的分级筛选专利技术,从血清/血浆样品中分离出单核小体和二核小体复合体,通过消化使其释放DNA,从而提取游离循环DNA(cfDNA)。
<strong style="font-weight: bold !im">产品名称及描述
<strong style="font-weight: bold !im">品牌
<strong style="font-weight: bold !im">货号
<strong style="font-weight: bold !im">产品说明
EpiQuik Circulating Cell-Free DNA Isolation Kit
*本试剂盒需配套磁力板,推荐的配套产品为:Q10002-1
试剂盒卓越的优势:
利用基于磁珠的分级筛选专利技术,确保cfDNA的有效提取,片段长度主要在170bp
快速直接的实验流程,全程仅需2小时。同时无需跑胶,过柱或者离心操作
产品纯度高,有效避免了蛋白质、盐、核酸酶、PCR抑制因子以及其它杂志
灵敏而高效的DNA捕获技术,确保最低80%的DNA提取效率
灵活的实验设计需求,可适用于高通量研究
Figure.3 简便的实验流程 & 可靠的提取效果
Epigentek集团公司是全球领先的创新技术和表观遗传学相关研究产品的开发商和供应商。公司开发了包括400多个专利产品的全面的产品组合,为表观遗传学方面的研究和新药研发提供全面系统的解决方案。作为Epigentek集团中国区域的总代理,艾美捷将其引入中国,作为其中国区域代理,将为客户提供完整的表观遗传解决方案,产品包括表观遗传研究用分析试剂盒、抗体以及相关的抑制剂/拮抗剂等产品。同时我们作为多家国际知名品牌的的中国代理或区域代理,艾美捷能为您提供系列的实验室解决方案。如果您对上述产品感兴趣,请致电免费客户专线<strong style="font-weight: bold !im">400-到艾美捷科技有限公司垂询相关的产品信息及完整实验解决方案。
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邮编:213000昆明医科大学学报140~(1;JournalofKunmingMedicalU;CN53-1221/R;血浆游离DNA的STR分型检测研究;)))));陈阳1,胡利平1,马波2,马立宇1,聂胜洁1;(1)昆明医科大学,云南昆明)云;650106);[摘要]目的探讨利用血浆中游离DNA进行短串联重;采集36例无关健康个体ED
昆明医科大学学报140~(1):
JournalofKunmingMedicalUniversity
CN53-1221/R
血浆游离DNA的STR分型检测研究
)))))
陈阳1,胡利平1,马波2,马立宇1,聂胜洁1
(1)昆明医科大学,云南昆明)云南沃森生物技术股份有限公司,云南昆明
[摘要]目的探讨利用血浆中游离DNA进行短串联重复序列(shorttandemrepeat,STR)分型检测,解决
采集36例无关健康个体EDTA-Na2抗凝血样,分离血浆,采
常规PCR扩增银染检测
法医学个体识别和亲权鉴定问题的可行性.方法
用经典酚-氯仿法分别处理血浆和血细胞,对提取的DNA进行15个STR基因座常规PCR扩增和荧光标记复合扩增,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳检测2种STR分型方法进行检测.结果STR分型一致,且分型效果接近.结论于法医个体识别和亲权鉴定.
[关键词]血浆;游离DNA;STR分型;个体识别;亲权鉴定
[中图分类号]R394.3;Q341[文献标识码]A[文章编号]2095-610X(2014)01-0140-04
和荧光标记复合扩增毛细管电泳检测两种STR分型方法的结果表明,同一个体的血浆游离DNA和血细胞DNA
血浆游离DNA可作为一种有效的生物学样本进行STR分型检测,应用
StudyonSTRGenotypingofCellFreeDNAinPlasma
)))))
HULi-ping1MABo2MALi-yu1NIESheng-jie1CHENYang1,,,,,
)KunmingMedicalUniversity,KunmingYunnan650500;2)WalvaxBiotechnologyCo.,Ltd,Kunming(1
Yunnan650106,China)
[Abstract]ObjectiveThepurposeofthisstudywastoinvestigatethefeasibilityofshorttandemrepeat(STR)
genotypingofcellfreeDNAinplasmaforindividualidentificationandpaternitytesting.MethodsEDTA-Na2DNAanti-coagulantbloodsampleswerecollectedfrom36unrelatedhealthyvolunteers,andbothDNAinleukocytesandcellfreeDNAinplasmawereextractedrespectivelyusingphenol-chloroformmethod.TargetDNAinbloodcellsandplasmawereamplifiedusingregularSTRtypingandfluorescentmultiplexSTRassayseparately,accordingly,thePCRproductswereanalyzedbypolyacrylamidegelelectrophoresisandcapillaryelectrophoresis.ResultsUsingeithernormalPCR-STRorfluorescentmultiplexSTRassay,theconsistentSTRgenotypingresultsweredetectedwithsimilarefficiencyforcellDNAandplasmaDNAsamplesfromthesameindividual.ConclusionCellfreeDNAinplasmasamplescanbeusedasusefulbiologicalsamplesforSTRgenotyping,whichcanbeappliedtoindividualidentificationandpaternitytestinginforensicpractice.
[Keywords]Plasma;CellfreeDNA;STRgenotyping;Individualidentification;Paternitytesting口腔拭子、血痕、精斑和腐败组织等微量或高度降解的检材已广泛利用短串联重复序列(shorttandemrepeat,STR)分析技术实现法医物证中常见案例的个人识别和亲权鉴定.但在强奸致孕案、医疗纠纷和器官移植等特殊案例中,常规检材受到取材条件、样本保存等诸多限制,以致急需一
种可以满足此类案件的特殊检材.而细胞游离DNA
(cell-freeDNA,cfDNA)的发现[1,、来源特征分析[3-5]及血浆中肿瘤标记物和胎儿游离DNA等的临床研究[6-10],使血浆样本成为候选检材.因此,本研究主要通过血浆游离DNA的STR分型检测以探讨血浆样本进行个人识别和亲权鉴定的可行性.
[基金项目]国家自然科学基金资助项目(31100906,8124136);云南省科技厅应用基础研究基金资助项目
(2009CD082)
[作者简介]陈阳(1987~),女,湖南常德市人,在读硕士研究生,主要从事法医物证学工作.[通讯作者]聂胜洁.E-mail:nieshengjie@126.com
第1期陈阳,等.血浆游离DNA的STR分型检测研究141
1材料与方法
1.1材料
1.1.1仪器低温高速离心机(德国Sigma公司),MasterPCR扩增仪(美国Bio-Rad公司),DYY-8B电泳仪(中国北京市六一仪器厂),ABI3130自动遗传分析仪(ABI,USA).1.1.2试剂D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、D5S818、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、D12S391、D18S51、D6S1043、FGA(参照NCBI设计,上海申博化工合成),AmpFlSTRRSinofilerTM试剂盒(ABI,USA,包括上述15个STR基因座以及Amelogenin),10mg/mL蛋白酶K,TaqDNA聚合酶(5U/μL),GoldTaqDNA聚合酶(5U/μL),GeneScanLIZ内标,甲酰胺.1.2方法
1.2.1DNA提取取2mLEDTA-Na2抗凝血样置于高速离心机中,750r/min离心1min,将上层血浆转移到另一支2mL灭菌EP管中.为了减小从血浆和血细胞中提取的DNA浓度及纯度的差异,根据其蛋白质和DNA含量,各取400μL采用经典酚-氯仿法分别提取血浆和血细胞DNA:破红细胞→消化(血浆样本中分4次加入20μL蛋白酶K,血细胞样本中加入5μL蛋白酶K)→抽提→沉淀→干燥→溶解(血浆cfDNA中加入20μLTE缓冲液,血细胞DNA中加入50μLTE缓冲液)→-20℃保存备用.
1.2.2常规PCR扩增银染检测引物设计与合成:参照NCBI上查询到的15个STR基因座(D8S1179,D21S11,D7S820,CSF1PO,D3S1358,D5S818,D13S317,D16S539,D2S1338,D19S433,VWA,D12S391,D18S51,D6S1043,FGA)的引物序列,并由上海申博化工合成.
PCR反应体系(20μL):10×Buffer2μL,血细胞模板DNA1.0μL或血浆模板DNA1.5μL,dNTP2μL,引物1.0μL,5U/μLTaqDNA聚合酶0.2μL,补充PH8.2灭菌DDW至20μL.
PCR反应条件:95℃10min→10个PCR循环:94℃1min,60℃1min,70℃1min30s→20个PCR循环:90℃1min,60℃1min,72℃1min30s→72℃7min→4℃保存.
按照以上PCR反应体系和反应条件进行常规PCR-STR扩增反应及聚丙烯酰胺凝胶电泳银染检测,最后记录结果并拍照.
1.2.3荧光标记复合扩增毛细管电泳检测PCR反应体系(10μL):ReactionMix4.0μL,血细胞模板DNA1.0μL或血浆模板DNA1.5μL,引物set2.0μL,5U/μLGoldTaqDNA聚合酶0.2μL,补充PH8.2灭菌DDW至10μL.
PCR反应条件:95℃10min→28个PCR循环:95℃1min,59℃1min,72℃1min→60℃60min→4℃保存.
随机选取5份血浆cfDNA和血细胞DNA按照AmpFlSTRSinofilerTM试剂盒说明书进行荧光标记复合扩增反应及毛细管电泳检测,经DataCollectionV3.0和GeneMapperIDV3.2分析电泳检测结果,并保存分型图谱.
血浆cfDNA和血细胞DNA常规PCR-STR分型结果比对血浆cfDNA(P1~P36)和血细胞DNA(C1~C36)PCR-STR扩增后的产物聚丙烯酰胺凝胶电泳比对分析以1~6号DNA经D21S11引物扩增后的结果为例,见图1.
图1表明:血浆cfDNA和血细胞DNA经15个STR基因座引物扩增后均获得清晰高效高特异性的DNA谱带.且同一个体中,无论是基因分型、等位基因片段大小还是基因座信号强度均显示血浆和血细胞样本的STR分型结果基本一致,表明血浆cfDNA分型准确.
2.2血浆cfDNA和血细胞DNA荧光标记复合扩
增结果比对
血浆cfDNA和血细胞DNA荧光标记复合扩增产物的STR分型以7号为例分析,结果比对见图2、图3.
图2、图3表明:血浆cfDNA和血细胞DNA均获得较好的STR图谱,不存在差异扩增或优势扩增,具体表现为:没有出现基因座缺失或等位基因丢失的情况,杂合子等位基因峰高和面积对称,各基因座之间的峰高较均衡.与法医物证常规检材的血细胞DNA一样,血浆cfDNA也能获得稳定特异的STR图谱.说明必要情况下,血浆样本可以作为法医物证鉴定的补充检材.
本研究揭示,作为法医学上以前不常见的重要生物检材之一的血浆将应用于法医学实践.血浆
142昆明医科大学学报第35卷
C1P1C2P2C3P3C4P4C5
图1血浆cfDNA(P1-P6)和血细胞DNA(C1-C6)D21S11PCR-STR扩增产物聚丙烯酰胺凝胶电泳
Fig.1PolyacrylamidegelelectrophoresisforD21S11PCR-STRproductsofcfDNAinplasma(P1-P6)andDNA
inbloodcell(C1-C
图27号血细胞DNA荧光标记复合扩增产物的STR分型图谱
Fig.2STRprofilesofproductsofDNAinbloodcellswithfluorescentmultiplexSTR
assay
图37号血浆cfDNA荧光标记复合扩增产物的STR分型图谱
Fig.3STRprofilesofproductsofcfDNAinplasmawithfluorescentmultiplexSTRassay
cfDNA是一种无细胞状态的胞外DNA,主要是由
细胞在信号诱发下程序性死亡过程中释放在细胞外凋亡小体形式的小片段DNA[11].器官移植患者、肿瘤患者和孕妇等血浆cfDNA出现的早期性及浓度高于健康个体的特性[12-15]为特殊案例的STR分型检测提供了可行性依据.而本实验通过对健康个体的血浆cfDNA进行两种STR分型研究,成功扩增出与对照样本的血细胞相同的特异性条带,且效
第1期陈阳,等.血浆游离DNA的STR分型检测研究143
果接近,也证明了血浆cfDNA应用于个体识别和亲权鉴定的可行性,因此血清样本也应该作为法医生物检材之一应用于法医学实践,为解决民事和刑事案件提供客观依据.
在今后的研究中,基于血浆样本易采集且无创,但cfDNA含量少、片段小、极易降解及受血液凝集和白细胞裂解、DNA酶等生物特点的影响[26-18],使样本处理、DNA提取和检测方法有待进一步改善.而作为一种由单核苷酸之间的差异引起的遗传多态性DNA片段而形成的新一代遗传标记系统且逐渐被应用于法医学领域的单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)[19]将应用于此类生物检材的研究之中,因为其PCR产物长度可小于100bp,且较STR更更适用于微量降解的血浆样本的法医DNA分析和复合扩增系统的建立.所以,为了更有效的解决法医学领域的个人识别和亲权鉴定,血浆cfDNA的SNP分型检测值得下一步的深入研究.
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geneticSNPtypingoflow-templateDNAandhighlyde-gradedDNAfromcrimecasesamples[J].ForensicSciIntGenet,2013,7(3):345-352.
(2013-12-04收稿)
三亿文库包含各类专业文献、幼儿教育、小学教育、专业论文、中学教育、高等教育、应用写作文书、文学作品欣赏、外语学习资料、血浆游离DNA的STR分型检测研究_陈阳_图文83等内容。 

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