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《軒轅劍外傳 漢之雲》是資訊旗下的第十二款作品，由 (大宇資訊台北總部研發一部) 開發。正體中文版於日發售。簡體中文版則在日發售。遊戲背景設定為時代。遊戲前作為《》。本作是軒轅劍系列首次使用過場動畫配音。以劇情內容與官方說法，此作與《》、《》並稱「軒轅劍伍系列三部曲」，《軒轅劍外傳 漢之雲》為此系列之二部曲，時間順序接在《》之後、《》之前，為系列之中位。
「漢之雲」源自遊戲中飛羽創始人與遊戲主角皇甫朝雲的一段對話。趙雲說，他與主角的名字中都有一個雲字，他們是大漢的中堅力量，是漢帝國的精英。但從上下文中不難理解，「漢之雲」中的「漢」字並非狹指政權，而是指益州百姓，蜀漢子民，或者說整個的命運。
又，製作團隊證實遊戲女主角橫艾有如山中雲霧般的身子，以及她最後選擇了以自己的方式，拯救大漢即將傾覆之危機，因此她其實也是另一重意義下的第三位「漢之雲」。
本次故事以飛羽部隊中的羽之部為主線。公元231年，漢丞相舉行第四次北伐。特殊部隊飛羽配合北伐，奇襲敵人魏國後方，遭遇同為特殊部隊的魏國銅雀尊者。最終雖然打死敵將，北伐仍失敗。其後飛羽領導人讓羽之部去尋找蜀漢名將的兵器和巫山瑤花。一行人途中在吳國境地接納了孫尚香的義女耶亞希跟隨出外「歷練」。後飛之部領導者端蒙企圖行刺諸葛亮，被羽之部救出；領導人焉逢得知自己實為軒轅劍轉世。耶亞希也漸漸取代了原來的橫艾，與焉逢相愛。後來諸葛亮第五次北伐，飛羽隨行，還於子午谷圍困並打死銅雀尊者之首紫衣尊者（實為魏帝），漢軍卻再度陷入了缺糧危機。死而複生的飛羽部隊持國使不滿諸葛亮多次北伐，勞民傷財卻沒有成果，派焉逢等人去刺殺諸葛亮。卻遇到銅雀尊者中的白衣尊者出現保護諸葛亮。此後飛羽都迷茫於隊友的接二連三的變故中。焉逢最終再次帶領羽之部前去刺殺諸葛亮。與白衣尊者一番相持後，焉逢與白衣尊者決鬥，亦認出對方為自己失散的弟弟---皇甫暮雲，二人合體。此時諸葛亮也走完人生最後旅程。最後與紫衣的戀人，橫艾的妹妹赤衣尊者決戰。橫艾為挽救臨死的妹妹帶她回巫山。
為了替暮雲完成心愿，焉逢決定前往山海界。耶亞希始終在海岸苦苦等待焉逢歸來。一日終於看到一名紅衣女子(即是中的夏柔)抱著軒轅劍自水面上走來，並告知耶亞希焉逢亡故的消息。焉逢的靈魂化為靈體出現，而此時人間已經過數百寒暑，耶亞希的肉體也早已化為塵土，以焉逢曾給予的劍氣維持原貌。兩人相擁。
焉逢（：）
本名皇甫朝雲，年二十一，軒轅劍轉世。其父為皇甫疾，有一孿生弟名皇甫暮雲。生於三國初期，由於曹操的赤壁兵敗導致全家流離失所，父親死於赤壁，姐姐和弟弟不知所終。年幼的焉逢被一位神秘人物（趙雲）收養，並傳授他武藝，他加入漢帝國的秘密組織——飛羽部隊。經過一番努力，他取得了飛羽中最高的排名——焉逢。繼承的劍氣較弟弟少，又曾分出劍氣給予子君、耶亞希，遇到巫山仙子前一直甚少使用劍氣(因朝雲難以駕馭劍氣)，後經巫山仙子使其力量覺醒，劍氣之力才提升許多。焉逢一直反思諸葛亮所進行的北伐。直到第五次北伐，其師趙雲被橫艾復活，在與師傅的交談中，他決定為拯救大漢殺死諸葛亮。最後，他殺死了一直保護諸葛亮的白衣尊者，才知道白衣尊者就是自己失散多年的弟弟。弟弟的意識被焉逢吸引，並強烈地影響著他。於是焉逢決定去山海界完成弟弟的心愿，並將意識交由弟弟暮雲主導。在山海界，暮雲為了向天女證明黃帝對她的愛，自殺而死。其外形恢復為軒轅劍，暮雲的靈魂同天女一起被封印，而朝雲的靈魂則沉睡在劍內。在青龍聖者的幫助下，焉逢的靈體與他的未婚妻耶亞希相見，永恆廝守。
耶亞希（配音員：）
全名耶亞希·芭娜，原為（本作採用台灣之說）民，後來孫權派兵尋訪夷洲，其主將將夷洲當地數千人虜來吳國，耶亞希和他的弟弟巴魯也在其中。後來耶亞希進了長公主府，給孫尚香做侍女，孫尚香見她擅長武術，且學的很快。便收她做義女。後來她與焉逢一見鍾情，在孫尚香的安排下，跟隨焉逢一同執行任務。後來其弟弟被孫峻所殺，耶亞希找孫峻評理，卻被孫峻砍去雙手。焉逢則用劍氣為之重鑄雙手。後來焉逢在絕命嶺受難，耶亞希挺身而出，救下了焉逢，從此焉逢答應娶她為妻，以回報其救命之恩。耶亞希性格單純，有性質。她一直勇敢地追求焉逢。
巫山四仙子
在遊戲中分別以巫山仙子、洛神、橫艾、赤衣尊者的身份出現。她們都是天女青兒將軒轅劍帶到凡間的同時，帶下來的四種樂器，經過千年幻化成人型，其中橫艾與赤衣尊者以姊妹互稱。由於四人僅有靈氣幻化而成之仙身，並沒有實質肉體，於是四人約定，要在互不干涉對方、不依靠肌膚之親的前提下，看誰能找到自己的終生摯愛。
一仙子巫山仙子（琴兒）
四樂器中玉梧桐琴之化身。她選中了周瑜，消耗了自己百年修為幫周瑜造出了東風，令其贏得了赤壁之戰的勝利，從而也使周瑜放下名利，製造了病死的假象，一同到巫山隱居。
二仙子洛神（笛兒）
四樂器中玉笛之化身。她選中了曹植，在洛水與之一見鍾情。曹植為她寫了《洛神賦》。然而曹植卻苦於人仙之別，最終還是與二仙子分別。之後因為不明原因(雲之遙中磬兒提到是為了曹植而走火入魔)，元神耗盡而亡，由於遊戲中橫艾提到其二姐有在注意神器下落，故也是身份頗多迷團的人物。
三仙子橫艾（笙兒）（配音員：）
本故事之女主角，四樂器中玉笙之化身，為磬兒的姐姐，也是現任「壺中仙」。她最初著迷於青年時期的諸葛亮，然而孔明卻一心想著自己的治國理想。為了提高自己的名望，娶了黃氏醜女為妻，這讓橫艾十分氣憤。然而她依舊在背後為孔明盡心，暗中引導劉備越馬檀溪、最後來到南陽，認識了諸葛亮，讓他得以如願一展抱負，此時她才默默離開了孔明。隨後橫艾遇上了焉逢，她找到飛羽部隊持國使趙雲，加入了飛羽，在舊傷與新戀情之間掙扎。曾遭游兆懷疑為間諜(因其時常放符鳥探查軍情，某次被游兆視為奸細而動手)，而輕鬆將游兆制伏於地(致使游兆的不信任而後離開羽之部)，實力深不可測，甚至持國使趙雲本還有意任命其為廣目使，之所以會位居第九名實際上僅僅是因為喜歡「橫艾」這個稱號而已。
四仙子赤衣尊者（磬兒）（配音員：）
四樂器中磬之化身，為笙兒的妹妹。她選中了曹叡，在其影響下成為銅雀尊者中的赤衣尊者。在蘭茵篇中提及磬兒曾打通青衣、烏衣、白衣尊者的體內氣脈，使銅雀尊者的實力大幅提升(磬兒認為以原先的實力根本無法與飛羽抗衡。或許在雲之遙中飛之部等人作為最後幾位魔王也為一暗示)，暮雲的純熟劍氣也拜她所賜。另外雖無明示，但在雲之遙不會武功的曹叡應該也經打通氣脈才得以在漢之雲與飛羽一行人抗衡。當曹叡被焉逢用劍氣所傷致死後，於遊戲結尾陷入狂怒而使出全部元神之力與羽之部眾人決鬥。後戰敗被橫艾帶回巫山。
端蒙（配音員：）
年十八，「飛之部」領導人，外表冷豔的女子，對周圍的同伴十分嚴厲冷淡。真實身分為的長女，名為馬蘊。後因馬良夷陵之戰中不幸逝世而流落至南蠻，小時候過的十分艱辛，之後馬良之弟馬謖想起兄長有這名女兒，急忙派人至南蠻找回並視如己出般扶養長大。在「馬謖大意失街亭」事件後被諸葛亮下令斬首，導致端蒙對諸葛亮和張郃抱持著仇恨，從此一直想找機會報仇。外表雖冷淡，其實是個性彆扭，不擅於以言語表達自己的真實感情，明知昭陽對自己持有愛意，但一心只想著復仇而無視著感情之事。直到昭陽臨死前，才終於也表明了自己對他心意。之後，因得知諸葛亮在觀星台而單獨前去刺殺諸葛亮，卻不敵白衣尊者而慘敗，焉逢等人趕來後，已重傷不治而死（雲之遙中有提到端蒙是故意尋死，使焉逢憤怒而使用劍氣擊敗白衣尊者）。
尚章（配音員：）
年十六，「飛之部」成員，神經十分大條沒心機。在一次夜襲魏營的任務中碰上銅雀尊者埋伏而掉入敵人設下的法陣中，之後由焉逢率領「羽之部」將其救出，端蒙為了感謝焉逢等人而將其調轉至「羽之部」。對耶亞希抱持著一種情愫，卻在得知她喜歡焉逢後退讓。真實身分為馬謖的么子，和端蒙沒有直系血緣關係，但仍舊認她為姊姊。參與飛羽的原因是想在姊姊身邊默默守護她。在故事結束後回到故鄉陪伴著父親和端蒙的墳墓。與司徒薔之間有著似有若無的情愫。多年後尚章重遇司徒薔, 並和她一同扶持過完一生。
彊梧（配音員：）
年二十二，字子君，有著魁武英挺容貌的青年，性格直率，嫉惡如仇，以自己能身為飛羽部隊的一員而深深自豪。射箭技能已經到了百步穿楊的地步，武器也不外乎是巨弓強弩一類之兵器。和焉逢是戰場上出生入死的多年深交，因此在平日對話之時從來不用代號互稱，而是直接稱呼對方本名。由於不滿持國使刺殺諸葛亮的命令之下疆梧選擇了大義脫離飛羽部隊，最後和羽之部大打一場之後跟焉逢對話中突然自盡身亡。
在雲之遙中揭露其姓名為嚴鵬，字子君。
年十七，是個容貌清秀，沉默寡言的術士，擅長療癒系法術，在戰場上總是閉目集中念力。平常總是閉目沉思，有必要時才說話，就算說話也是簡字短語，是飛羽部隊中最神秘的一位成員。和橫艾為同門師姐弟，也和她一樣不肯透露自己的道術師承，雖是師弟，飛羽部隊的「天干十傑」排名中卻反而比橫艾還高。當「羽之部」落入黃衣尊者的陷阱「回憶之殿」時，只有他保持堅決冷靜，不受任何影響的把眾人從悲傷的回憶及幻象中救醒。其真實身份乃是橫艾以年輕的諸葛亮為容貌模板，以草人做出的假人。
年二十四，個性積極，平時不斷得磨練自己。為名將趙雲之孫，自小也對追求名望這件事情充滿憧憬。武藝超群，使的是家傳絕技「常山槍法」。是個十分出色的戰士。因為不高興焉逢老是袒護橫艾，再加上對焉逢的處事態度也十分不滿，最後他轉調到了飛之部，爾後在端蒙一時衝動刺殺諸葛亮之後繼承了飛之部領導人地位。但最後在北原山頂刺殺司馬懿失敗，游兆也犧牲了生命。
在雲之遙資料片朝雲篇中揭露其姓名為趙昂。
年齡最小的飛羽成員，從小與父親學習機關術而對機關術精通，因此父親死後受到諸葛丞相的重視而獲得代替父親以「祝犁」的封號加入飛羽的許可。負責擔任在流馬淵架設木流牛馬等重要任務。之後和飛之部在葫蘆谷以火攻埋伏司馬懿父子時遭銅雀尊者襲擊而負傷，此後未再出場。
在雲之遙中登場，本名為黃采兒。
飛之部唯一的法師。師承太平道術士崤山老人，曾爲諸葛亮製造出「七星續命燈」。之後在北原山頂刺殺司馬懿時遭銅雀尊者襲擊，在緊急情況下爲了救其他夥伴而使盡所有法力，當場死亡。
本名費庭，在雲之遙中因為報仇與暮雲大戰而耗掉了平生一半功力，故漢之雲中其能力大不如前。
飛之部成員，斯文的年輕劍士。向來對端蒙情有獨鍾，經常關心著她，卻未曾受過對方相同的待遇。端蒙曾因刺殺諸葛亮失敗而被打入大牢，等待受死刑。昭陽因擔心她而萬里迢迢趕到成都向焉逢等人告知此事。雖然知道行刺諸葛丞相為叛賊之舉，應受國法處置，心中卻期盼焉逢等人能替自己劫獄救端蒙。之後在北原山頂刺殺司馬懿失敗後，數日後因重傷不治而亡，臨死前曾向端蒙表白他的愛意、並向焉逢等人託付死後將其遺體送回箕谷小村的祖父母。
在雲之遙中有登場，但只提到他姓莫，本名仍然不明。
雙眼瞳仁異色，善用術法，能通達神靈與精怪。常會主動提醒他人身邊的穢氣，因此不見容於故里，流浪於各郡縣之間，直至問道於於君道天師，從此潛心修道，自稱青冥道人，走遍各地，欲以替百姓解難驅邪為己任。
有一次提醒長安客棧老闆將有火災，火災發生後卻被人誤以為是放火凶手（詳見雲之遙），伴在青冥身邊的女子裘暖從此便決定借青冥作行騙斂財之事。青冥發現真相後和裘暖爭執，後來為了在惡鬼魑魅手下救回裘暖而自廢雙目，可惜仍救不了裘暖，為了替從前行騙斂財之事贖罪而加入了主角的隊伍之中。
一身斯文的書生劍客裝扮，但實際上是女子，雖會劍術卻不甚專精、僅能防身。胸懷大志，處世機靈，腦中似乎隨時都有謀略供他渡過所有難關。父親原是魏國醫官，後因治疫不力遭罷，舉家放逐。父親死後，司徒薔便想運用其自幼所習的知識，行走各地教授防疫知識。
於遊歷旅途中救了不少人，亦因此紅粉纏身，曾為救溺水的許家堡小姐許婉兒而渡氣給她，因引來許婉兒的愛幕和追求；也曾為山賊頭子治療（詳見雲之遙蘭茵篇支線）而被山賊頭子看上；最後為了逃避種種狂峰浪蝶,亦為方便宣導防疫知識而加入了焉逢的隊伍中。及後她遇上了兒時的未婚夫婁彥, 婁彥為補償當時婁家跟她解除婚約, 不單尋回司徒薔之兄的佩劍銀汶淍月, 更說要帶她走, 但司徒薔回望了尚章一眼後, 便說自己希望繼續宣導防疫知識而拒絕了他。她和尚章之間有著微妙的感情。
因養母受人所託將他養育長大，只知其姓馬，便以〝棄〞字為名。
純真善良，個頭雖小，力氣甚大！但突遇變故，混跡於建業城中，為了某個目的籌錢。即便是低賤工作他也肯做。平時靠拾荒撿取財物以換得金錢，身上的服飾也是這樣撿來換穿。眾人只知道他是個小流浪兒，沒人知道他的來歷。實為的曾孫，的侄子。自小由養母華妍養大。身上帶著馬氏一族的信物馬家玉。
因華妍想在陵墓中取回祖上所著的醫書《青囊經》時在魏國惹上了麻煩，不得已拋下馬棄孤身一人，後來馬棄遇上焉逢一行人，由於馬棄並不想回華妍送他回去的馬家，及決定幫助焉逢等人平定亂世, 故加入了焉逢的隊伍。
白衣尊者（配音員：）
銅雀尊者中最會用劍者，實為徐庶的養子，本名為「皇甫暮雲」，是焉逢童年時期逃難離散的弟弟，也是軒轅劍轉世。因為不慎殺死養父徐庶，懊悔的他便遵照徐庶的遺志前去保護諸葛亮，最後敗於焉逢的手下，被其吸收，因此而知道他心中的使命的焉逢，決定先前往山海界幫暮雲實現心願。
（配音員：）
字孔明，在漢之雲的年代之時，年齡大約50歲。身為漢軍的丞相，為了完成先主劉備的願望而不斷進行北伐。
年輕時和橫艾相戀，然而因諸葛亮決定追求功業而產生裂痕，最後不了了之。
諸葛亮本身並不善於用兵，北伐遭逢多次敗績，依舊不願放棄，繼續不斷執著完成劉備的遺願。由於國力漸漸消蝕，因而遭到劉禪、朝中許多大臣的質疑。
最後遭焉逢以劍氣重傷，隨著白衣尊者的逝世而過世。
字子龍，蜀漢大將，雖於在故事開始數年前已逝世，但因為橫艾所施的「續命之法」而再度重生。由於復活期間在民間徘徊，因此目睹諸葛亮持續北伐，導致民間負擔極大，蜀漢國力迅速消蝕，十分痛心與感嘆，曾私底下說服諸葛亮先暫時停止北伐，好讓國家所有百姓人民喘息安頓，不料卻遭拒絕。因此決定派遣飛羽部隊暗殺諸葛亮，結束眼前的悲劇。
諸葛亮死後，趙雲等待著焉逢從山海界回來，打算以焉逢當時一人即天下無敵之力，來討滅魏國；不料過了十年，焉逢仍然沒從山海界返回，「續命之法」的時間也到期限，使他再度逝世。
( 紫衣尊者 ) （配音員：）
字元仲，魏明帝。面對蜀漢的入侵，他展開一連串的應對行動。
他派兵遣將、調度有方，使原本小看他年輕的老臣老將開始對他心服口服。同時，他也成立了精銳組織「銅雀尊者」，以紫衣尊者的身分率領一群高手對抗大漢尖兵「飛羽」。由於曹叡的機智聰明，他比司馬懿還要早看穿諸葛亮北伐的戰略目標─「非圖長安，意在涼州」。而為了到前線作戰，曹叡讓神似自己的雙胞胎哥哥曹璿冒充他，做影子皇帝來主持朝中大局。
在諸葛亮第五次北伐時，曹叡親征相應蜀漢出師的東吳，擊敗孫權後向死去的祖父曹操自詡「生孫當生曹元仲」(當年曹操稱讚孫權「生子當生孫仲謀」)，但在得知負責對抗蜀漢的黃衣尊者、烏衣尊者敗於飛羽的消息，立即返回五丈原。在葫蘆谷為救司馬懿一命，而被焉逢的劍氣所傷，回到魏營後傷重不治，臨死前託付司馬懿輔佐哥哥的重任。
飛羽部隊為漢軍中類似特種部隊的神祕部隊，就連漢軍都沒有人知道這個部隊的來歷。而飛羽兩字是取自於蜀漢名將「」和「」二人之名而成。至於天干十傑的稱號，則是源自於《?曆書》中的天干別稱，分別是「焉逢（甲）」、「端蒙（乙）」、「遊兆（丙）」、「彊梧（丁）」、「徒維（戊）」、「祝犁（己）」、「商橫（庚）」、「昭陽（辛）」、「橫艾（壬）」、「尚章（癸）」，四名領導者的名稱是取自佛教的。
飛羽的創立者，但在故事開始的數年前因病逝世，其真實身分為蜀漢大將。
飛羽的領導者，任務和多聞使一樣，在多聞使分身乏力之時由他給予兩部任務，其真實身分是蜀漢大將，於持國使逝世後和多聞使鄧芝一同主持飛羽部隊的大小事務。最後因為不甘於沉寂而和楊儀姜維等人不和，慘遭屠滅三族，也直接導致飛羽部隊的瓦解。
飛羽的領導者，負責給予飛之部和羽之部任務，其真實身分為蜀漢大將。
飛羽的傳令者，其真實身分為蜀漢著名文官之一的。對於持國使下令刺殺諸葛亮大為不滿，因此將飛羽名單洩漏給諸葛亮。也在成為蜀漢掌權者之後消除所有飛羽的資料，令其在歷史上銷聲匿跡。
本作中新增的陣法。將、蜀山瓊芝、雪山玉蔘、巫山瑤花四樣聖物力量注入死者的軀體，便能令其復生並延長約十年左右的壽命。其缺點是生前的宿疾等也會一併繼承，且需要一段時間讓記憶慢慢回復。
在《漢之雲》以前，三國這段歷史便一直為各種歷史題材遊戲所表現，代表作有（日商光榮）的《三國志系列》遊戲等。但這些遊戲大都以《》中所記述的歷史為歷史架構。不過這一次漢之雲在史料的採集上以正史《三國志》為基礎，酌用野史、傳聞、軼事，並加入製作者自己的想像。
《漢之雲》將稱為「魏漢吳」，而非傳統「魏蜀吳」；遊戲中一方皆自稱「」，軍旗一律繡著「漢」而非「蜀」，也從不承認「魏」的存在，一律將他們貶稱為「賊」或「曹賊」。而也一律貶稱蜀漢為「蜀」或「蜀寇」，亦同樣不把他們當作是一個合法政權或國家，只把他們當作地方賊寇；而對諸葛亮的「北伐」，更一律只稱之為「入寇」。
漢之雲大體上依《》而非《》中的形象。認為他乃是治國安邦之良才，而非善於奇謀戰術之人。並通過端蒙、、橫艾、等人之口進行多次批判，將其還原為較趨近於正史之「長於治軍，不擅用兵」「公忠體國、鞠躬盡瘁」「用兵謹慎、勞而無功」的真實面貌。
遊戲中，諸葛亮擔憂自己若有生之年無法完成克復中原的重任，將無以報答的知遇與提拔之恩，因而年年北伐。然而他並非用兵之才，因而連年北伐，屢敗屢戰，卻勞而無功，反而更受困於君臣所設下之長期消耗戰略中，國力嚴重耗蝕，蜀中百姓漸漸疲憊，因而慢慢可能動搖國土僅有益州一隅的命脈。最終亦自我認識而選擇被刺。遊戲最後，仍對諸葛亮的人格有著極高的正面評價。
張郃是一代名將，善於帶兵作戰，曾在街亭大敗，成功遏止的第一次北伐攻勢，威震西陲。《》記載後來諸葛亮第四次北伐時，打算派兵馬追擊因糧盡而匆促撤退的蜀漢軍。張郃反對，認為必有埋伏，但司馬懿不聽，最後張郃部隊果在木門道遭遇蜀漢斷後部隊埋伏，因膝蓋中箭不治身亡。
《》則正好跟《三國志》敘述顛倒過來，變成司馬懿判斷必有埋伏，而張郃不顧司馬懿苦心勸阻，執意去追擊敵人，結果才掉入諸葛亮陷阱中而死。遊戲則基本採納了《》的說法，但加入了飛羽以其孫做誘餌迫其親自出馬，結果被端蒙下令射殺的劇情；遊戲並推而廣之，描寫司馬懿事後為了脫避自己的責任，於是親自上書皇帝，報告張郃乃是中伏，膝蓋中箭失血過多而亡，而朝中史官最後也採信了這一說法。
在位時期乃是魏國鼎盛時期。曹叡為著名美女之子。本人容貌秀美，聰明果決，早年曾兩次御駕親征，分別擊敗當時赫赫有名的、兩大人物，功績輝煌，一時聲震天下。但他在位後期過度沈溺於土木建築，勞民傷財，可以說是非常兩極化之君主。
《》中，曹叡被刻意淡化處理，因此幾乎沒有存在感；一些重大戰略決定也都被挪去變成司馬懿的功勞。但遊戲中則比較趨近正史，讓他表現相當活躍醒目。曹叡私下偷偷成立了銅雀尊者組織，親自帶領他們在敵前敵後暗中活躍；而他不在皇宮的期間，便由其愛好土木工程的哥哥曹璿擔任影子皇帝。最後曹叡因輕敵而早逝，於是曹璿成為晚年的魏明帝。遊戲以此來解釋何以魏明帝前後如此兩極化的原因，饒富趣味。不過歷史上，其實並無曹璿這個人，乃是遊戲為了劇情趣味而杜撰出來架空人物。遊戲中並採納「傳說」，將曹叡父親設定為，而非魏文帝之子。不過與「傳說」不同之處在於與甄宓並非同一人。
木牛流馬眾說紛紜，學者一般認為那是一種改良過之人力獨輪輜重車，較大者為「木牛」，小者為「流馬」，而非民間傳說中的什麼怪異神奇之物。在遊戲中，則維持將木牛解釋成是，而流馬則是一種利用山體高低落差來運送物資的索道。
主角頭部無法顯示的bug
按照軒轅劍的傳統，漢之雲依然沿用了軒轅劍伍的，但開發者著力提升了遊戲的畫質，使之與正傳有很大改觀。但漢之雲固定了遊戲視角，同時也繼承了正傳的一些程式漏洞。
戰鬥系統是改動最小的系統，因此漢之雲的戰鬥系統也和正傳一樣備受玩家批評。相比之下，漢之雲的戰鬥系統還是有一些新內容，利用不少戰鬥中，玩家在面對兩組怪物時可以選擇幫其中一組，該組怪物則逃離戰場，戰鬥難度從而降低。戰鬥中敵方的數量也由五代的3人增加到5人。
開發者還在一個特定的戰鬥中加入了成分，即為大宇自製線上遊戲《》做宣傳。
漢之雲的煉妖壺系統「壺境」一覽
在前作中，軒轅劍系列特有的煉妖壺系統被移除。漢之雲中開發者重新加入了該系統，並且進行了較大規模的改進，融合了煉妖系統、天書系統、本陣系統，以及《》的鍛冶系統的綜合體。
相當於五代的本陣系統，超過9名以上的隊員可以待在裡面休息，也可以透過這個系統進行隊伍調整。
類似於仙劍奇俠傳四的「鍛冶系統」。可以透過選擇對武器進行鍛冶的怪物之不同，而對送進鍛冶坊中的武器做出屬性能力之類的加成影響。已經被鍛冶過而有所加成的武器防具是無法再送進鍛冶坊進行加工，然而仍可使用煉妖爐進行改造。
相當於四代天書系統中的「房屋」，可以將自己不需要的怪物驅逐出境，也可以詳細檢視怪物的資料。收妖的方式和前幾代一樣，但這次是使用「收妖術」。
相當於一代以來的「煉妖系統」。操作也和之前的煉妖系統相當，一樣是分成數個種族，以不同的方式組合可以組合出許許多多的變化。另外，本次的煉妖爐並不保證會百分百的煉化成功，如果像之前一樣進行超出使用者橫艾等級太多的煉化舉動，可能會導致煉化出來的東西並非原本預測的東西，甚至可能直接煉化失敗。
根據製作人呂志凱在接受巴哈姆特專訪表示，本次的防拷程式部份將改用SONY公司出品的，而不再使用之前《》時必須使用繁複手續的防拷程式。然而，SecuROM依舊在一個月左右便被中國盜版商所破解，而且立刻導致繁體正版銷售量迅速下滑。
有別於採用大量新制音樂的做法，漢之雲沿用了從三代到五代的許多配樂，甚至軒轅劍五的開場音樂也被拿來充當戰鬥音樂。在配樂的風格上，也沿襲了《天之痕》一個旋律多重變奏的手法，主題旋律相當悲壯感人。其中《飛羽的戰鬥》《直到永恆》《劍之旅》等新制配樂，得到玩家的好評。
本作的戰鬥系統和軒五相同，但與蒼之濤等戰鬥系統幾乎相同的前代遊戲比較，本作中連普通攻擊和絕招都不會讓敵人的時間閘後退。不少玩家也反映漢之雲的戰鬥，可能是遊戲中較弱的一環。
《漢之雲》在台灣上市一周，銷量達到六萬套。 據通路商處側面了解，由於奧運的關係，大陸審批在2008年8月前對境外出版物加強管制，因此包含《4》正外傳、《漢之雲》等遊戲的審批，都因而被迫暫停。2007年末遊戲的盜版光碟搶先出現在大陸市面上。奧運結束後這些遊戲皆順利通過審批，取得了發行資格。在距離台灣繁體版上市一年後，通路商寰宇在日，正式宣布發行這三款遊戲。。
日，大宇資訊在《軒轅劍》《天使帝國》新作發表會上透露，本作將與《大富翁八》一起登陸阿里巴巴旗下的天貓盒子。
早在2006年2月中旬，剛剛有消息的時候，就曾有謠言傳說軒轅劍伍將與其外傳同時登台。這一傳說在軒五推出後不攻自破。而官方正式對外第一次公布軒五外傳的消息，是在日。隨之推出的是官方網站的開通倒計時，和故事背景有獎競猜活動。從此時起，官方網站每15天更新一次。
關於本作的命名，自從軒轅劍伍以來，玩家一直有所猜測。2007年9月中旬，中國大陸單機遊戲網站首次公布了一張圖片，其上標明了「漢之雲」這個名稱，由於未得到官方資訊，這個名稱被認為是玩家自行創作。官網發布後，該傳言得到驗證，但「漢之雲」的LOGO圖像與之前公開的略有區別。
此外，「飛羽」一詞被認為是和的合稱。後來，官方證實了這一點。
日，一位賣家在「yahoo!奇摩 拍賣」上出售《漢之雲》的預定版。並隨之公布了大量的消息，其中包括發售日期、配備要求、主角設定等。
後半段關於焉逢（朝雲）和橫艾、耶亞希的三角關係鋪陳不多，於是焉逢選擇耶亞希這段惹來批評。編劇吳欣叡（大毛獸）親自承認：橫艾是因為有製作人員希望女性角色提早加入而臨時增加的新角色，因此為了讓橫艾有戲份，便從耶亞希和端蒙的戲份中移了一部分給橫艾，但來不及改結尾而導致現在的結果。另外，有部份原因是因為玩家以現代觀點去看待這段感情，導致自己無法接受。
有一些知情玩家曾在巴哈姆特討論區上披露：DOMO小組習慣把「企畫」劃分為編劇文編、戰鬥系統兩個群組，分別由不同人各自負責，因此常會見到劇情與戰鬥到後期仍未充分整合完全，出現彼此矛盾不一致的情形，如耶亞希故事設定為武藝師承孫尚香，但戰鬥中的表現則是偏向法師型角色等狀況。
天干十傑中的其中昭陽、商橫、祝犁三人幾乎成了配角，像整部戲商橫在主線只講過一句台詞：「謝謝你，徒維。」飛之部在第四次北伐後，遊戲中便很少提到。而羽之部的同伴游兆很早便離開隊伍，加入飛之部便不再一起同行。對此在後來在和玩家的會面上，撰寫劇本的吳欣叡在這一點上的解釋是：「這一次我們遊戲重心並不在飛之部上，因此《漢之雲》從一開始，就沒有打算在描寫飛之部上花太多時間。」專案人呂志凱則暗示他們的故事應有可能在資料片或其他後續作中出現，不過前提是「要先還能有續作」才行，所以「請大家務必支援正版」。而後，三人的故事在雲之遙中則佔有一定戲份。
外傳已經在開頭動畫中加上嬴詩的口白，的開頭動畫也有敘述黃帝與蚩尤之戰的口白，但漢之雲是第一次過場動畫全程加上聲優配音。
參閱《軒轅劍外傳 雲之遙》典藏攻略畫冊(正體中文版)第292頁，編劇：毛獸訪問Q1回答第一行：宏大的軒轅劍伍系列三部曲。
在DOMO小組在和玩家會面時，閒聊中表示：原來這一款遊戲名稱一開始便是定名為《軒轅劍伍外傳 漢之雲》，因為它與前作《軒轅劍伍》關係十分密切，所以依照過去三代與《軒轅劍三外傳 天之痕》的命名習慣，應該命名為五代外傳；但遊戲最後階段，公司幾位主管考慮《軒轅劍伍》口碑不佳，擔憂影響行銷與銷量，因此臨時希望研發小組能把「伍」字摘掉。但實際上它原來精神便是不折不扣五代的外傳，製作人員也都習慣稱它叫「軒五外傳」。
，官方舉辦女主角評選活動時，即將她稱為「可愛的蘿莉」
唐庚《三國雜事》：「上自司馬遷《史記》，下至《五代史》，其間數千百年，正統偏霸與夫僭竊亂賊，甚微至弱之國，外至蠻夷戎狄之邦，史家未有不書其國號者，而《三國志》獨不然。劉備父子相繼四十餘年，始終號『漢』，未嘗一日稱『蜀』；其稱『蜀』，俗流之語耳！陳壽黜其正號，從其俗稱，循魏晉之私意，廢史家之公法。用意如此，則其所書善惡褒貶予奪，尚可信乎！」司馬光歷史鉅作《》也採納「魏漢吳」的稱法，拒絕再沿用「魏蜀吳」稱法。
於流馬淵中，和煉丹童子的戰鬥，如果有橫艾在戰鬥隊伍中的話，此場戰鬥不會有任何經驗值。
，於本文結尾提到。
古人常用「以身相許」來報答對方的救命之恩，加上焉逢也了解橫艾無法走出自己的陰影，於是選擇了耶亞希，然而這個舉動並非出於愛意、而是責任跟恩情。雲之遙的五丈原暮雲篇有間接證實此點，而焉逢答應娶耶亞希是想先慢慢培養感情
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