完美国际ss老虎代码有没有代码?

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出门在外也不愁【专家会诊】老虎大王(讨论Lammps,Dlpoly,Gulp,金属熔盐等无机物系MD模拟) - 分子模拟 - 小木虫 - 学术 科研 第一站
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【专家会诊】老虎大王(讨论Lammps,Dlpoly,Gulp,金属熔盐等无机物系MD模拟)
我这个帖子是应管理员要求开设的,在金属熔盐等无机物系的经典MD模拟方面和大家做些讨论,包括Lammps, Dlpoly, Gulp等软件在具体应用中的问题。欢迎一起探讨。
:tiger09::tiger32:
作为版主,我代表大家进来支持一下,后面这样的纯支持就不要发了,不然扣BB:tiger02: 老虎大王兄,你可以讲讲这些软件的源代码吗?做模拟,还是要编码能力强。。。 提问:关于DL_POLY轨迹保存问题
DL_POLY在保存HISTORY文件时能否只保存体系中部分原子的坐标(比如说体系中有1000个原子,我只想记录1-30号原子的轨迹),如果能应该如何设置?
先谢谢大家了 Originally posted by winterz at
提问:关于DL_POLY轨迹保存问题
DL_POLY在保存HISTORY文件时能否只保存体系中部分原子的坐标(比如说体系中有1000个原子,我只想记录1-30号原子的轨迹),如果能应该如何设置?
先谢谢大家了 不好意思,据我了解是不可以的。只能修改源程序了。写HISTROY文件的程序是在~/srcmod/utility_module.f文件中的traject子程序中。很容易修改的。 Originally posted by zyj8119 at
老虎大王兄,你可以讲讲这些软件的源代码吗?做模拟,还是要编码能力强。。。 源码,我没有花时间仔细研究过。如果有具体问题倒是可以讨论。 恭喜开贴:D
来问个简单问题,lammps对小体系NPT分子动力学计算时如何尽可能减小压强波动 Originally posted by qasd at
恭喜开贴:D
来问个简单问题,lammps对小体系NPT分子动力学计算时如何尽可能减小压强波动 压强的波动在MD当中一般是难以避免的。NPT条件的算法常常有个阻尼因子之类的参数,通常是调节这个参数来控制计算过程中压力的起伏,具体的取值条件与算法有关,可经过一些试验来确定。一般来讲,在同样的势函数作用下,压强控制的灵敏程度(即控压的快慢或调控的力度)与压强的小的起伏不可兼得。你如果MD总步数比较长,可以控压控得轻一点,压力起伏就会小一点,如果总步数比较小,只好控得紧一些,那就起伏大一些。但是不管如何控制,算出来的压强均值应该是差不多的,都是控制到你的目标压力上下。 再问个问题,DL_POLY中自带的那些utility代码有没有详细的使用文档啊?manual上面写的太简略了。
还有在计算轨迹的均方位移时都是使用它自带的JAVA GUI分析的吗?有什么第三方软件可以分析吗?
谢谢啦! Originally posted by winterz at
再问个问题,DL_POLY中自带的那些utility代码有没有详细的使用文档啊?manual上面写的太简略了。
还有在计算轨迹的均方位移时都是使用它自带的JAVA GUI分析的吗?有什么第三方软件可以分析吗?
谢谢啦! 是的。Manual中对Utility程序没有足够的说明。只能是自己研究那些程序文件里开关部分的简单说明。你根据它的文件名也许也可以猜个大概。我不清楚有没有人专门总结过这些程序的用法。这些程序都是比较简单的,研究一下源程序,掌握它也不是很困难。
关于MSD,utility文件夹里有几个程序是计算这个东东的。比如msdprg,msdblk,msdblk2等,它们之间的区别好像也不是很大,看看就清楚了。GUI我没有用过,不知道是不是调用的这几个程序。关于第三方软件,直接针对DLPOLY的History文件计算MSD的,我还不知道有哪个。MSD其实是很容易计算的。自己写个程序也很简单,我以上说的几个utility也应该很容易看懂。你研究一下MSD的公式就知道了。 我想问下如果是用MS建立嵌段共聚物,导出的文件,如何将其二面角参数转化为lammps的data文件?有没有办法转化?谢谢。、。。。 Originally posted by liuguan at
我想问下如果是用MS建立嵌段共聚物,导出的文件,如何将其二面角参数转化为lammps的data文件?有没有办法转化?谢谢。、。。。 这个我就不是很清楚了。我对这样的体系没有经验,不敢乱说。但Lammps的data文件格式是很容易掌握的,研究一下Manual,应该不难吧。 Originally posted by 老虎大王 at
这个我就不是很清楚了。我对这样的体系没有经验,不敢乱说。但Lammps的data文件格式是很容易掌握的,研究一下Manual,应该不难吧。 谢谢啦。。。 请教大侠,如果我想把multi/harmonic形式的二面角势函数改成6次项应该怎么处理呢
原函数是个Ancos(theta)^n的和的形式
除了各处的五次项改成六次项之外,在dihedral_multi_harmonic.cpp文件里似乎只有这部分在计算中起作用
/ force & energy
& & // p = sum (i=1,5) a_i * c**(i-1)
& & // pd = dp/dc
& & p = a1 + c*(a2 + c*(a3 + c*(a4 + c*a5)));
& & pd = a2 + c*(2.0*a3 + c*(3.0*a4 + c*4.0*a5));
那么如果改成
p = a1 + c*(a2 + c*(a3 + c*(a4 + c*(a5+c*a6)));
& & pd = a2 + c*(2.0*a3 + c*(3.0*a4 + c*(4.0*a5+c*5.0*a6));
但计算分子的均方旋转半径的结果和不改差不多,请帮忙看看哪里出了问题,多谢! Originally posted by pwdp at
请教大侠,如果我想把multi/harmonic形式的二面角势函数改成6次项应该怎么处理呢
原函数是个Ancos(theta)^n的和的形式
除了各处的五次项改成六次项之外,在dihedral_multi_harmonic.cpp文件里似乎只有这部分在计 ... 暂时没有看出问题。觉得可能没什么错。
如果你不放心,不妨这样来测试一下:
1. MD运行一步(或0步),并保存构型(dump设成每步都保存,注意要把每个原子的l受力fx,fy,fz也存下来,thermo设成每步都输出),注意Lammps第0步(即起始构型)也是保存的。
2.自编一个程序,计算势能和受力。
3.与Lammps结果对比。如果结果是相同的,只是精度上面的差别,则你就搞对了,否则大概就是有问题的。不过这样以来又多了个麻烦,就是要保证你编程是对的。呵呵呵。 只计算二面角部分也是可以的,也可以与五项函数对比一下。
如果要粗略地看,你还可以先把五项的函数和六项的函数的曲线图做出来,对比一下,也许函数值本身确实相差不大。 老虎兄好久不见啊
能否比较一下这三款软件:) Originally posted by wuchenwf at
老虎兄好久不见啊
能否比较一下这三款软件:) 这个么, 不大好说,简单地讲,就MD模拟而言,我个人感觉LAMMPS的功能要比DLPOLY强大一些,但是DLPOLY命令少,对于缺乏基础和经验的用户来说,DLPOLY相对容易学(只是它的输入文件的格式比较讲究),如果DLPOLY可以完成的任务,比较只计算Bulk性质,或者只了解原子排列等结构演变问题,那是可以用DLPOLY。如果模型和模拟过程比较复杂,或者模拟变形、冲击等特殊过程,用LAMMPS好一些,毕竟它的代码中专门有对应于很多过程的模块。
我没有用GULP做过模拟,GULP的最大特点不在于模拟上,大概是在于晶格动力学和分子力学上面。GULP能做的事情太多了,我的印象是只要经典力学可以处理的与晶体有关的问题,GULP似乎都能处理。呵呵。 lammps中有没有办法计算纳米线的angular correlation functions 的方法 Originally posted by sg at
lammps中有没有办法计算纳米线的angular correlation functions 的方法 相关函数,可以自己编程,很简单的。 Originally posted by 老虎大王 at
我这个帖子是应管理员要求开设的,在金属熔盐等无机物系的经典MD模拟方面和大家做些讨论,包括Lammps, Dlpoly, Gulp等软件在具体应用中的问题。欢迎一起探讨。
:tiger09::tiger32:
Last edited by ghcacj&&... 请问一下,lammps有没有一些比较好的GUI呢?免费的?怎么才能快速的读懂lammps 的源代码?
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