下了一个《极品飞车10 cdk1$末日冰封@圣城家园》要CDK怎么办？

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2011-03-25 22:41 标签： 极品飞车10 cdk
谁能帮我从PDB库里下一个CDK1 ,CDK2，以及BCL-2蛋白质的PDB结构啊？ - 分子模拟 - 小木虫 - 学术 科研 第一站
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谁能帮我从PDB库里下一个CDK1 ,CDK2，以及BCL-2蛋白质的PDB结构啊？
PDB库里都是一些复合物以及各种各样提取物的结构，我都不知道该下哪个啊？帮帮我吧，老板催的急啊。可以把网址直接发给我的。感激不尽&&CDK1 ,CDK2，以及BCL-2蛋白质
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
到这个网站下载 : Originally posted by wohaihao at
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
到这个网站下载 这个我知道的啊，关键是PDB库里有好多CDK2或者bcl-2的复合物或者提取物结构，我该如何选择？
很急 谢谢的额 看一下介绍，以及相关的文章，选出分辨率较好，较新的。 : Originally posted by 小蜗牛8728 at
看一下介绍，以及相关的文章，选出分辨率较好，较新的。 :victory:那应该怎么选取的啊。老板没说什么要求，就是说CDK2和BCL-2。师兄能否说明下什么是分辨率高的啊，谢谢、 1，pdb数据库中的构象一般由两种途径获得，一种是x射线衍射法，另一种是NMR的方法。这两种方法所得的构象都不是生物体中的构象。一般来说NMR的方法所获得的是溶液中的构象，更接近于生物体体液中的构象，而x射线衍射法得到的构象是低温晶体构象，不是溶液中的构象。
2，不管用什么方法所得到的pdb结构都需要优化，这是因为pdb结构中只有重原子，氢原子是用软件加上去的，所以存在很多不合理的地方。做模拟的第一步是首先要保证这个结构是一个比较合理和稳定的结构，所以必须优化。
3，我们做动力学模拟的目的是要模拟蛋白大分子在生物环境中的状态，它在现实中本来就是不断变化的，我们就是要模拟这种不断变化的状态，然后用统计去分析相关性质，这样所得到的数据才会更加真实可信。
dolphin100 (站内联系TA)
晶体结构静态的,肯定跟生物体内不一样, 测定的只是结构的一个状态, 优化好结构中由于实验测定误差的错误后,MD跑起来,模拟出构象的一些可能接近真实的状态,这个得根据你MD设置条件所决定 1. PDB的构象是晶体构象，是从溶液结晶出来的，与人体内的实际构象一定是有微小差异的，因为毕竟环境不同，但这种差异是比较小的，可以认为相同
2. 优化的是H原子，以及部分残基，如果你补了缺失残基的话，一般没有进行基本骨架优化的。优化H原子是因为PDb不保存H原子，通过软件加上的H取向是随机的，会存在很多bad contact
3. Em\PR\MD是基本的蛋白质分子动力学模拟的步骤，每一步的构象确实在变，但这种变化是一种围绕真实构象的波动，不是远离真实构象的变化 : Originally posted by zhouzhiguang at
:victory:那应该怎么选取的啊。老板没说什么要求，就是说CDK2和BCL-2。师兄能否说明下什么是分辨率高的啊，谢谢、... 分辨率高你得看RMSD，B factor这些东西。你翻一翻相关的书籍就会明白。 1、 在 http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 查到相关的东西
2、然后查看各自的简要介绍，根据结构信息、实验条件、分辩率及个人需要等，下载pdb格式文件就行，
一般可能还是要多试几个比较一下的
:D 我对我的学生一般这样建议：
1、看分辨率，数值越小越好，当然，B-factor也要小
2、看PDB对应的文献，越权威越好
3、看共结晶小分子配体，活性越高越好，当然，结构接近你的目标分子，就更好了
4、看相关靶点已经发表的分子对接文献，如果文献值得信赖，不妨用文献中提到的PDB
var cpro_id = 'u1216994';
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E-mail： & QQ：8835100谁知道 怎么弄到飞车里 一个上帝皇冠的 头饰啊 那个需要CDK的一个代码 去兑换 谁告诉我 怎么能得到那个代码啊
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