在治疗时应考虑患者的年龄囊腫是否恶化，以及囊肿的部位、体积、大小、生长速度等同时还应该考虑是否保留生育功能及患者自己的主观愿望等。绝大多数的囊肿屬于良性因此不可盲目进行手术治疗。具体如下：

如果是单纯性囊肿没有分隔，没有囊内乳头没有钙化等复杂的特征，基本上是良性可以保守观察。4-8周后复查时囊肿通常会变小或者消失如果囊肿不消失，但是超声显示仍是单纯性囊肿仍然可以继续严密观察。卵巢囊肿的治疗方法生理性囊肿如合并紊乱等内分泌症状者可口服药物治疗以减轻症状，但对于病理性囊肿目前还没发现有明确疗效的ロ服药物。

卵巢囊肿的治疗方法囊肿切除术年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢囊肿的治疗方法组织

卵巢囊肿的治疗方法切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者可行行一侧或双侧输卵管卵巢囊肿的治疗方法切除术。

考虑恶性或诊斷不明确的囊肿在手术后要将切除物送病理检查在显微镜下明确囊肿的性质，再考虑下一步的治疗如果卵巢囊肿的治疗方法囊肿出现扭转、破裂、出血、感染等并发症，应行急诊手术

大多数患者就诊时已经是晚期了，所以在治疗时应该尽一切可能切除原发囊肿及所能見到的盆、腹腔转移灶现多采取卷地毯式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，又如大网膜切除部分肠切除，部分膀胱输尿管切除。還应考虑在腹腔内留置导管以便术后腹腔内注射化疗药物等使用。