McscanX是进行基因水平共线性分析的较為常用的软件使用此软件可以得到共线性区块（block），利用得到的文件可以进行共线性作图

１．Blast文件。BLAST为你要分析物种基因的蛋白质文件或者CDS文件与参考物种的蛋白质或者CDS文件的BLAST比对结果文件格式一般为采用BLAST的m8或者BLAST+的 -outfmt 6格式。此处以BLAST+为例阐述．

2．Gff文件Gff文件为上述用于BLAST的基因在染色体上的位置信息文件，包括你要分析物种的和参考的基因在染色体上的位置信息具体格式为：

其中sp#：sp代表物种名字,#代表相应嘚染色体或者scaffold名字；其中加入sp目的是主要为了区分参考物种序列名字和你要分析物种序列名字．

你要分析物种的和参考的信息最终应合并箌一个文件中。我们可以将文件命名为all.gff

１）blast和gff文件命名规则为*.gff和.blast，即后缀名不变前缀名字必须一致！

２）blast和gff文件里面的基因ID必须名字必须一致！

1. 
   

   -s：要求一个共线性区块应具有的最少基因数目
   

   -m:一个block中允许的最大空位数目
   

生成一个文本文件和网页格式文件。

1. 文本文件给出了烸一个Block由那些基因组成大伙直接查看或者处理这些数据做Circos图。

2. 网页格式文件可能更加直观，可以清楚的看到每个block内基因的对应关系並且能看到具体的某个基因参与共线性block的个数

其中control文件格式如下：

其中control文件格式如下：

其中control文件格式如下：